Selepas mencapai kemenangan jelas, pasukan Amerika berundur. Jepun kehilangan empat dari enam kapal induk armada (Kaga, Akagi, Sōryū, and Hiryū), termasuk sejumlah besar krew udara terlatih mereka, menghentikan pengembangan Empayar Jepun di Pasifik. Hanya Zuikaku dan Shōkaku yang ada untuk membuat serangan. Kapal induk Jepun yang lain, Ryūjō, Junyo dan Hiyo, merupakan kapal induk ringan yang membawa hanya sejumlah kecil pesawat udara dan perbandingan janga kemandiri yang rendah berbanding kapal induk armada.

Dengan Tentera laut Amerika kini secara kasar kembali setanding dari segi jumlah kapal induk armada, pihak Amerika mula menimbangkan membuat serangan buat pertama kali dalam perperangan. Tidak lama kemudian, Amerika akan menyerang Guadalcanal, memulakan pergelutan penuh lesu di Kepulauan Solomon yang akan memusnahkan secara kekal Tentera laut Jepun dan kumpulan elite Tentera laut udaranya.

Dakwaan jenayah perang

Tiga ahli penerbangan U.S., Ensign Wesley Osmus (juruterbang, Yorktown), Ensign Frank O'Flaherty (juruterbang, Enterprise) dan (Aviation Machinist's Mate) B.F. (atau (B. P.) Gaido (penembak-radio SBD O'Flaherty) ditawan oleh Jepun semasa pertempuran. Osmus ditahan di di kapal pemusnah Arashi, sementara O'Flaherty dan Gaido di kapal penjajap Nagara (atau pemusnah Makigumo, sumber berlainan), dan ia didakwa bahawa mereka kemudiannya dibunuh.[49] Lapuran dibuat oleh Laksamana Nagumo menyatakan tentang Ensign Osmus; "Dia mati pada 6 Jun dan dikebumikan di laut." dan tidak menyatakan kematian mengenai tahanan perang Enterprise.[50] Kebiasaan menanam manyat musuh di laut merupakan kebiasaan dikalangan kesemua tentera laut yang terbabit.